Le scénariste et réalisateur de Star Trek 3, Roberto Orci, a donné quelques indices sur l'histoire du film lors du podcast Humans from Earth. Il assure notamment que l'équipage sera au coeur d'une "mission de cinq ans. Donc leurs aventures se dérouleront dans l'espace lointain".
Par ailleurs, on devrait enfin se retrouver à peu près au même niveau du scénario que lors du début de la première série Star Trek. "Les deux premiers films étaient sur l'origine des personnages (...) Donc ils n'étaient pas les personnages de la série originale. Ils étaient en train de le devenir", précise-t-il.
